среда, 16 сентября 2020 г.

Методы выделения и количественного определения белков

Разные белки отличаются друг от друга по своим физико-химическим свойствам и биологической активности. На этих различиях основаны широко используемые в медицине и биотехнологии методы разделения белковых смесей на фракции и выделения отдельных белков. Механизм некоторых из этих методов представлен на рисунке (щёлкните кнопкой мыши по рисунку для его увеличения).

Для разделения белков по молекулярной массе наиболее часто применяют методы гель-фильтрации, ультрацентрифугирования, диализа и диск-электрофореза.

Гель-фильтрация - метод, основанный на различной способности молекул разных размеров проходить через своеобразные «молекулярные сита» - сефадексы - инертные гидратированные полисахаридные материалы, представляющие собой пористые гранулы. Крупные белковые молекулы не способны диффундировать внутрь гранул сефадекса и элюируются (выходят из колонки) в первую очередь. В то же время молекулы небольшого размера проникают через поры гранул, задерживаются в них и движутся в колонке с более низкой скоростью (см. рисунок, вверху слева). Метод гель-фильтрации эффективно используется и при очистке белков от низкомолекулярных примесей.

Ультрацентрифугирование. Метод основывается на измерении скорости седиментации (осаждения) белковых частиц под действием центробежной силы, создаваемой в ультрацентрифуге. Скорость седиментации частиц пропорциональна их молекулярной массе.

Диализ - процесс разделения высокомолекулярных и низкомолекулярных веществ при помощи полупроницаемой мембраны. Белки не способны проходить через такую мембрану, поэтому данный метод применяется для очистки белков от неорганических соединений.

Диск-электрофорез в полиакриламидном геле проводят в присутствии детергента - додецилсульфата натрия (ДСН), маскирующего заряд ионогенных групп в молекуле белка. Поэтому электрофоретическая подвижность белков, связанных с ДСН, будет пропорциональна их молекулярной массе.

На различии белков по электрическому заряду основаны методы высаливания, ионообменной хроматографии, электрофореза, изоэлектрического фокусирования.

Высаливание - процесс осаждения белков из раствора при добавлении сульфата аммония, а также солей щелочных и щелочноземельных металлов, чем больше величина заряда белка, тем более высокая концентрация соли требуется для его осаждения.

Ионообменная хроматография - метод, основанный на взаимодействии заряженных групп белка с ионными группами полимеров-ионообменников. При разделении смеси белков на анионите (например, диэтиламиноэтилцеллюлозе) в первую очередь элюируются положительно заряженные белки, затем - нейтральные и, наконец, отрицательно заряженные белки (см. рисунок, вверху справа). При разделении смеси белков на катионообменнике (например, карбоксиметилцеллюлозе) элюция происходит в обратном порядке.

Электрофорез - метод, основанный на различной скорости движения белков в электрическом поле на различных носителях (бумага, полиакриламидный и крахмальный гели и т.д.) . Эта скорость зависит от величины заряда белка при данном значении рН.

Изоэлектрическое фокусирование - методика проведения электрофореза на колонке или в тонком слое с градиентом рН, создаваемом при помощи синтетических полиаминокарбоновых кислот - амфолинов. Каждый белок разделяемой смеси будет располагаться на колонке в участке со значением рН, соответствующем его изозлектрической точке.

Различная гидрофобность белковых молекул используется при проведении гидрофобной (обращённо-фазовой) хроматографии. В качестве носителя в данном случае применяется силикагель с ковалентно присоединёнными углеводородными радикалами. Чем выше гидрофобность белковой молекулы, тем прочнее она связывается с частицами модифицированного силикагеля. Поэтому при элюции вначале выделяются наиболее гидрофильные белки, а в последнюю очередь - наиболее гидрофобные (см. рисунок, внизу слева).

Способность белков избирательно взаимодействовать с определёнными лигандами составляет основу метода аффинной или биоспецифической хроматографии. Например, для выделения нужного фермента можно использовать адсорбенты, с которыми ковалентно связан его субстрат, кофермент или специфический эффектор; для извлечения из разделяемой смеси гормонов применяют связывание их иммобилизованными рецепторами и наоборот. Наиболее перспективно для выделения белков использование иммуносорбентов на основе моноклональных антител.

При пропускании смеси белков через биоспецифический сорбент нужный белок удерживается аффинной колонкой, в то время как все остальные компоненты проходят через неё, не задерживаясь. Затем осуществляется элюция специфически связанного белка (см. рисунок, внизу справа).

пятница, 4 сентября 2020 г.

Хроматография аминокислот на бумаге

Метод хроматографического разделения смеси аминокислот на бумаге основан на различной растворимости аминокислот в воде и органических растворителях (см. рисунок) .

Хроматография аминокислот на бумаге

Каплю раствора, содержащего смесь аминокислот, наносят на полоску фильтровальной бумаги, которая способна удерживать большое количество воды (неподвижная фаза). Конец полоски опускают в специально подобранный органический растворитель (подвижная фаза). Растворитель поднимается по полоске бумаги и увлекает за собой нанесённые на бумагу аминокислоты. Скорость перемещения аминокислот определяется их растворимостью. Чем больше растворимость аминокислоты в воде и чем меньше её растворимость в органическом растворителе, тем медленнее движется аминокислота вслед за подвижной фазой, и наоборот.

По окончании хроматографии расположение отдельных α-аминокислот на фильтровальной бумаге можно выявить при помощи нингидриновой реакции.

Нингидриновая реакция используется для обнаружения и количественного определения веществ, содержащих α-аминогруппы. При нагревании в присутствии нингидрина происходит окислительное дезаминирование α-аминогрупп аминокислот и пептидов, а молекула нингидрина при этом восстанавливается. Восстановленный нингидрин реагирует с аммиаком и другой молекулой окисленного нингидрина, в результате чего образуется окрашенный комплекс синего или сине-фиолетового цвета:

Ход опыта. К 5 каплям раствора α-аланина добавляют 2 капли 0,5%-ного водного раствора нингидрина и кипятят 1—2 минуты. В пробирке появляется розово-фиолетовое окрашивание, а с течением времени раствор синеет.

Для каждой аминокислоты характерна скорость перемещения, которую выражают с помощью коэффициента Rf. Коэффициентом Rf называют отношение пути, пройденного аминокислотой (от места ее нанесения на бумагу до середины пятна на хроматограмме), к расстоянию от места нанесения смеси аминокислот до фронта растворителя:

,

где а – расстояние от места нанесения раствора смеси аминокислот до середины пятна данной аминокислоты, мм; b – путь, пройденный растворителем, мм. Каждая аминокислота имеет определенное значение коэффициента Rf, которое может меняться в зависимости от вида применяемой бумаги, растворителя, температуры, рН среды и некоторых других факторов (таблица).

Табл. 2. Значения Rf отдельных аминокислот (бумага ватман № 1).

Аминокислоты Растворители
фенол,
насыщенный водой
н-бутиловый спирт –
ледяная уксусная кислота –
вода (4:1:1)

Фенилаланин

0,87 0,66
Лизин 0,82 0,16
Аргинин 0,90 0,18
Гистидин 0,69 0,17
Серин 0,36 0,32
Треонин 0,47 0,36
Глицин 0,41 0,34
Аспарагиновая кислота 0,15 0,33
Глутаминовая кислота 0,25 0,37
Тирозин 0,63 0,53
α-аланин 0,56 0,39
Метионин 0,83 0,58
Триптофан 0,75 0,62
Пролин 0.89 0,50
Лейцин 0,87 0,72
Валин 0,76 0,56
Цистин 0,03 0,13

пятница, 5 сентября 2014 г.

Как найти изоэлектрическую точку белка?

Изоэлектрическая точка, как и молекулярная масса, является одной из важнейних характеристик белка или пептида. Под изоэлектрической точкой (pI) подразумевают значение pH среды, при котором суммарный электрический заряд на поверхности белковой частицы равен нулю. Как известно, в состав белков и пептидов входят аминокислоты, содержащие как группировки, способные в водной среде отдавать протоны с возникновением отрицательного заряда (анионогенные группы), так и группировки, способные присоединять протоны с появлением положительного заряда (катионогенные группы).  От соотношения тех и других зависит величина изоэлектрической точки. Если в составе белка (пептида) преобладают боковые радикалы, содержащие анионогенные группы, то его pI находится в кислой среде, где избыток протонов будет подавлять диссоциацию этих групп. Если в составе белка (пептида) преобладают боковые радикалы, содержащие катионогенные группы, то его pI находится в щелочной среде, так как протонирование этих групп будет затруднено при низкой концентрации ионов водорода в растворе. 
Наличие заряда на поверхности белковой частицы является (наряду с гидратной оболочкой) одним из факторов, удерживающих белок в водных растворах. В изоэлектрической точке растворимость белка в воде минимальна и он легко выпадает в осадок при воздействиях, снижающих гидратацию его молекул (при добавлении электролитов или водоотнимающих реагентов). Это можно использовать для избирательного осаждения белков из раствора с последующей очисткой их от низкомолекулярных примесей. Зная изоэлектрическую точку определённого белка, можно предсказать направление его движения в электрическом поле при известном значении pH среды. Я уже давно вывел следующее нехитрое правило: нужно из значения pI вычесть значение pH, при котором проводится электрофорез; если в результате получается отрицательное число, то заряд белка '-' и он будет двигаться к аноду, если получается положительное число – заряд белка '+' и он будет двигаться к катоду.
Экспериментально определить изоэлектрическую точку белка можно следующим образом. Готовят ряд пробирок, содержащих буферный раствор с различными значениями pH, добавляют в каждую раствор исследуемого белка, перемешивают и наблюдают за содержимым пробирок. pH пробирки с наибольшей мутностью соответствует изоэлектрической точке.  
Значение изоэлектрической точки можно также вычислить, используя специальные формулы, если известен аминокислотный состав белка или пептида. В настоящее время для подобных расчётов используются компьютерные программы. Так, например, на сайте «Практическая молекулярная биология» (http://molbiol.ru/) имеется раздел, на котором собрано большое количество программ, написанных на JavaScript. Эти программы позволяют автоматизировать многие расчёты, которые приходится производить в лабораторной практике. Среди них есть и программа «Анализ последовательности белка» (авторы – В.Клименков, А.Широкая, А.Авдей), позволяющая получить целый ряд параметров пептида или белка, исходя из его первичной структуры.

Посмотрим, как работает эта программа. В качестве примера можно взять биологически активный пептид ангиотензин II, обладающий мощным сосудосуживающим действием. Его первичная структура: Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe (Овчинников Ю.А. Биоорганическая химия. – М.: Просвещение, 1982, с.272). 
Сначала нужно перевести трёхбуквенные обозначения аминокислот пептида в однобуквенный код. Воспользуемся для этого другой программой на сайте MolBiol.ru. Полученную последовательность DRVYIHPF копируем в строку в программе «Анализ последовательности белка», нажимаем кнопку “Расчёт!” и в новом окне получаем следующую информацию:

Таким образом, изоэлектрическая точка ангиотензина II находится в слабощелочной среде,  и при нейтральном значении pH данный пептид будет заряжен положительно. Можете попытаться использовать эту программу для расчёта параметров других пептидов, первичная структура которых приведена в учебнике Овчинникова.

пятница, 29 августа 2014 г.

Аминокислотная "ромашка"

Индивидуальные свойства аминокислот, входящих в состав белков, определяются характером боковых радикалов, или R-групп, входящих в состав их молекулы. На физико-химических свойствах боковых радикалов основана современная классификация аминокислот, в соответствии с которой различают аминокислоты с полярными и неполярными радикалами. Неполярные радикалы представляют собой алифатические или ароматические углеводородные цепи с равномерным распределением электронной плотности. Неполярные радикалы не способны взаимодействовать с молекулами воды, и поэтому также называются гидрофобными. Зато они они легко взаимодействуют с другими такими же аминокислотными радикалами и молекулами неполярных растворителей. Полярные радикалы, наоборот, содержат функциональные группы, содержащие электроотрицательные атомы кислорода, азота, серы, что вызывает неравномерное распределение электронной плотности в радикале. В свою очередь, полярные радикалы в водной среде при pH 7.0 могут принимать анионную или катионную форму или оставаться электронейтральными. Все полярные радикалы способны образовывать водородные связи между собой, а также с молекулами воды и поэтому называются гидрофильными.
На рисунке представлено распределение боковых радикалов 20 белковых аминокислот по различным группам в зависимости от полярности и заряда. Аминокислоты соединены пептидными связями -CO-NH- в циклический полипептид, снаружи от остова которого показаны боковые радикалы, подобно лепесткам ромашки. 

Знание свойств боковых радикалов аминокислот позволяет предсказать растворимость пептидов в воде и органических растворителях, их поведение при электрофорезе и хроматографии, способность образовывать нековалентные связи, стабилизирующие пространственную структуру белков, а также объяснить природу взаимодействия активных центров белков с различными лигандами, которая лежит в основе функционирования любого белка. 

вторник, 12 августа 2014 г.

О готовности студентов медицинского вуза к использованию дистанционных технологий в обучении биохимии

Эта статья была опубликована в Материалах ежегодной научной Интернет-конференции "Новые образовательные стратегии в современном информационном пространстве", СПб.: Изд-во Лема, 2014. - С.116 - 118.


На кафедре биологической и общей химии ЯГМА в течение ряда лет функционирует онлайн-курс «Избранные вопросы биохимии», предназначенный для поддержки аудиторных занятий по биологической химии для студентов 2 курса лечебного, педиатрического, фармацевтического и стоматологического факультетов. В ходе обучения студенты изучают теоретический материал, для проверки усвоения которого проходят электронное тестирование по каждой теме курса и выполняют индивидуальные задания с целью закрепления полученных знаний. В 2011 году была запущена новая версия курса на базе СДО eFront (разработчик – Epignosis.Ltd), основанной на использовании технологий Web 2.0 [1].
На первой неделе курса студенты заполняют анкету «Представление участника электронного курса». Форма анкеты разработана с помощью сервиса «Диск Google» (http://www.google.com/drive/) и внедрена в начальную страницу курса. Целью анкетного опроса является исследование готовности студентов к использованию дистанционных образовательных технологий в изучении дисциплины, выяснение их отношения к возможности обучения с использованием социальных сервисов.
Опрос проводился в сентябре – октябре 2012 года, феврале – марте и сентябре – октябре 2013 года. В анкетировании приняли участие 132 студента всех факультетов, в том числе 27 юношей и 105 девушек. Большинство из них (59,8%) представляли лечебный факультет, 18,9% –  фармацевтический, 14,4% - педиатрический и 5,3% - стоматологический факультет. Более 80% студентов окончили среднюю школу в 2011 и 2012 годах.
Основная масса студентов (48,5%) оценивает свой уровень владения персональным компьютером как хороший, 34,8% - как средний и 16,7% - как отличный. Личный адрес электронной почты имеют 97% студентов.
Для выхода в Интернет наши студенты используют различные устройства (в опросе можно было указать несколько). Среди них в первую очередь следует назвать ноутбук с беспроводным модемом, который используют 81,8% студентов, затем следуют: персональный компьютер, подключенный к сети (27,3%), мобильный телефон (15,9%), смартфон или КПК (6,8%), другие устройства – 3,8%.
Все принявшие участие в опросе студенты пользуются материалами, полученными в Интернете, для подготовки к практическим занятиям: постоянно используют эти материалы 16,7% опрошенных, часто – 53,8% и иногда – 29,5%.
Из общедоступных социальных сетей студенты отдают предпочтение сетевому проекту «В Контакте» (94,7%); пользователями сети «Одноклассники» являются 23,5% студентов; имеют аккаунт в Facebook – 18,3%. Не состоят ни в одной из социальных сетей 4,5% студентов.
Наряду с общедоступными социальными сетями существуют также профессиональные медицинские сетевые сообщества, в некоторые из которых открыт доступ не только врачам, но и студентам-медикам. Из таких сообществ наибольшей популярностью пользуется «Медкампус» (http://www.medcampus.ru/), в котором зарегистрированы 41,7% студентов, принявших участие в опросе. Другим таким сообществом является сетевой проект «Мир Врача» (http://mirvracha.ru/portal/index), в котором состоят 3% студентов из числа опрошенных.  56,8% студентов не состоят ни в одной из медицинских социальных сетей.
Из социальных сервисов Web 2.0 в процессе обучения на первом месте находится Wikipedia (http://www.wikipedia.org/), которой пользуются три четверти опрошенных студентов, 17,4% студентов смотрят ролики на Youtube (http://www.youtube.com/), 11,4% студентов читают блоги преподавателей, 1,5% являются пользователями веб-сервиса Evernote (http://evernote.com/). Не используют ни один из перечисленных сервисов 21,2% студентов.
79 опрошенных студентов (59,8%) могут уделить занятиям в курсе от 2 до 4 часов в неделю. Менее 2 часов в неделю планируют работать с курсом 18,9% (25 студентов). Такое же количество студентов собирается заниматься от 4 до 10 часов в неделю.
Среди причин, побудивших записаться на электронный курс, студентами в  первую очередь были названы: «получить материал для подготовки к семинарам, практическим занятиям, экзамену»; «получить более глубокие знания»; «проверить свои знания», «повысить рейтинг». 

Литература
1. Ершиков С.М. Использование СДО eFront для создания новой версии дистанционного курса «Избранные вопросы биохимии» //Новые образовательные стратегии в современном информационном пространстве: Сборник научных статей. – СПб.: Изд-во Политехнического университета, 2013. - С.221 – 226.http://fit-herzen-conf.ru/pdf/2012.pdf#page=221

воскресенье, 23 февраля 2014 г.

Мини-урок "Питание и здоровье" (из материалов научно-практической конференции)


История этого видеоролика такова. В июле 2013 года в Санкт-Петербурге ООО "Дистанционный репетитор" проводило 3-ю научно-практическую конференцию "Дистанционное обучение - взгляд из настоящего в будущее", в которой я принимал участие. В ходе одного из мастер-классов ведущая Светлана Александровна Павлова предложила участникам организоваться в группы и провести мини-урок на любую тему по своему предмету. Объединившись с преподавателями химии и биологии, быстро нашли общую тему и минут за 15 набросали план урока и иллюстрации к нему. Что из этого получилось - смотрите видео.
Возможно, по содержанию есть какие-то неточности - не судите строго. Импровизировать приходилось прямо на ходу. Впоследствии мне не удалось найти записи этого урока в видеоматериалах конференции, но сегодня неожиданно для себя получил от С.А.Павловой ссылку на указанный видеоролик, в связи с чем выражаю свою искреннюю благодарность.


воскресенье, 22 декабря 2013 г.

Подведём итоги!


Вот и закончились два месяца занятий в курсе "Куратор содержания-2". Пришло время отчитаться о том,  чему научился, какие новые методы и сервисы освоил. Курс был хорошо спланирован, тьюторы неизменно доброжелательны, работать было интересно, несмотря на хронический цейтнот (подготовка к аккредитации вуза и много чего другого). Поэтому, хоть и с опозданием, но добрался до заключительной недели. 
Тема курирования: использование информационных технологий в преподавании и научных исследованиях в области медицинской биохимии. 
Целевая аудитория: студенты медицинских и фармацевтических факультетов, изучающие биологическую химию, а также коллеги-преподаватели.
Итак, каковы же итоги? 
1. Сначала о потерях и неожиданных приобретениях. Пока шёл курс, закрылся сервис iGoogle. В течение двух лет он был стартовой странице в моём браузере, где аккумулировались ссылки на наиболее часто используемые ресурсы. Теперь его нет, но практически сразу нашлась адекватная замена - агрегатор Symbaloo (http://www.symbaloo.com/), с которым я познакомился при выполнении заданий 5-й недели. И это тоже результат курса! Кроме стартового вебмикса, содержащего ссылки на почтовые ящики, социальные сети и основные инструменты куратора содержания, создан ещё один для электронных библиотек и наукометрических сервисов. 
2. Мой аккаунт в твиттере:
https://twitter.com/ershikovsm
существует уже более двух лет, но работа в нём значительно оживилась в эти два месяца, и на сегодняшний день у меня 626 твитов, 55 читателей, 74 читаю я сам, 14 ретвитов, 10 упоминаний, 13 твитов помещены в избранное другими пользователями.
3. С помощью сервиса Paper.li создана ежедневная газета "Медицинская биохимия: обучение и преподавание". 
Именно этой газете я обязан многими ретвитами и упоминаниями в сообщениях твиттера, что говорит о том, что информация, размещённая там, является востребованной и интересна другим пользователям.
4. Зарегистрировался на сервисе Rebelmouse.com, создал персональную страницу eLearning in Medical Biochemistry , куда автоматически попадают мои твиты и ретвиты, а также сообщения в Facebook и LinkedIn: 
5. Завёл аккаунт на сервисе Scoop.it, создал два топика:
Первый - по своему направлению курирования: 
Потом стали накапливаться материалы по общим вопросам курирования содержания, которые были вынесены в отдельный топик:
6. Аккаунт на Netvibes у меня уже был, не было только публичной страницы, теперь она появилась:
На эту страницу были перенсены наиболее интересные источники информации с моих частных страниц.
7. Аккаунт в Pinterest у меня уже был, но этим сервисом я до недавних пор активно не пользовался. 
На сегодняшний день мною созданы в Pinterest четыре альбома: 
http://www.pinterest.com/ershikovsm/medical-biochemistry/ ("Медицинская биохимия"), 
http://www.pinterest.com/ershikovsm/medicine-and-elearning-with-humor/ ("Медицина и электронное обучение - с улыбкой"). 
http://www.pinterest.com/ershikovsm/content-curator/ ("Куратор содержания")
В дальнейшем эти альбомы будут пополняться новыми изображениями, а само число этих альбомов увеличиваться.
8. Продолжаю собирать ссылки на интересные ресурсы и делиться ими с коллегами в 3 группах на сервисе Diigo:
9. Транслирую найденные ссылки на своей странице в социальной сети Facebook:  
10. Все основные результаты работы в курсе представлены в 16сообщениях моего блога: 
Кроме того, хотелось бы отметить как очень важные и полезные материалы 2 - 4 недель курса по открытым образовательным ресурсам, электронным библиотекам, коллекциям журналов и книг в открытом доступе и по наукометрическим базам данных. Я очень многое получил в процессе выполнения заданий этих недель и надеюсь использовать эти знания в своей дальнейшей работе. Считаю также полезным опыт создания видеороликов в режиме онлайн (в настоящее время изучаю сервис Movenote, http://www.movenote.com/, отдельное спасибо за информацию К.Л.Бугайчуку!)
В заключение хотелось бы пожелать коллегам, прошедшим этот трудный и увлекательный курс до его завершения, успешно применять полученные знания и умения на новом поприще в качестве куратора контента, а нашим уважаемым тьюторам - новых творческих успехов в их нелёгком труде!